Le carte sono ad oggi strutturate in due parti denominate rispettivamente
1) Archivio del Consolato sardo ad Alessandria d'Egitto
2) Archivio della Legazione sarda ad Alessandria d'Egitto.

Si tratta in realtà dell'unico complesso documentario prodotto dal Consolato di S. M. il Re di Sardegna in Alessandria d'Egitto. Di tale organizzazione, risalente agli anni Trenta del Novecento, non si conosce l'origine. Si può pensare che derivi da un errore materiale di nominazione delle buste

Le carte risultano nel complesso disordinate, sebbene abbiano mantenuto "a gruppi" la loro organizzazione originale.

Le carte sono state nel tempo citate da molti studiosi. Si è ritenuto dunque opportuno procedere ad un ordinamento virtuale, lasciando la documentazione nelle collocazioni storiche.

Il riordinamento, piuttosto complesso, si è avvalso degli strumenti interni dell'archivio, ed ha avuto come obiettivo la ricostruzione dell'ultima organizzazione delle carte

L'archivio si compone sostanzialmente di sei nuclei o serie di documentazione, articolati talvolta in sottoserie:
i) La corrispondenza (protocolli, copialettere, lettere ricevute)
ii) La documentazione prodotta nell'ambito della gestione amministrativa del consolato
iii) Alcune carte relative alla Gestione dell'Ospedale europeo di Alessandria d'Egitto
iv) La documentazione prodotta nell'ambito dell'attività di vigilanza sulla Marina
v) La documentazione prodotta nell'espletamento dei servizi notarili
vi) Le pratiche consolari consistenti, in prevalenza, nel contenzioso

Risulta inoltre aggregato un piccolo numero di fascicoli e registri non appartenenti all'archivio preunitario sardo. Alcune buste contengono i fascicoli toscani e sono descritti in dettaglio nell'inventario di quel Consolato.

Di grande aiuto per la comprensione della struttura originaria del fondo è stato il Repertorio coevo - in forma di registro e appartenente all'archivio stesso - che disegna l'organizzazione delle pratiche, che come si è sopra detto, sono prevalentemente contenziose.

Le pratiche, in accordo al registro, risultavano strutturate inizialmente almeno in cinque categorie/serie

1. Atti civili e commerciali
2. Atti criminali
3. Avarie e piraterie
4. Pratiche diverse
5. Successioni
   Nel tempo questa organizzazione generale - che risulta essere stata applicata almeno fino alla metà degli anni Cinquanta dell'Ottocento - ha subito dei rimaneggiamenti, funzionali forse al reperimento delle carte all'interno di un sistema documentale divenuto sempre più complesso, in funzione dunque dalla crescita delle attività. In particolare le categorie "Pratiche diverse" e "Avarie e piraterie" risultano unite alla categoria "Atti civili e commerciali"; sono restate distinte invece le categorie "Atti criminali" e "Successioni". Bisogna aggiungere che la gran parte delle pratiche "Avarie e piraterie" sono purtroppo andate perdute.

A queste serie sono da aggiungere le "Pratiche politiche, ovvero riservate" e i "Fallimenti". Riferimenti ad altri gruppi documentali si trovano accidentalmente nell'archivio.

Il repertorio è stato utile non solo per il riordinamento delle pratiche. Nell'inventario, che qui si presenta, si sono riportati, nel campo "Nota" le annotazioni relative alla pratica (oggetto ed esito), appuntate in quel registro. Esse rendono più facile la comprensione del fascicolo, della storia del procedimento.

Per quanto riguarda le pratiche già appartenenti alle serie "Pratiche diverse", "Avarie e piraterie", "Atti criminali" si è indicato a fianco dell'oggetto del fascicolo, in parentesi quadre, la loro originaria appartenenza a quei nuclei di documentazione.

Nella stesura dell'inventario si è ritenuto opportuno dare una numerazione di corda unica per unità archivistica, cioè per fascicolo/registro. Questa numerazione consente di quantificare la consistenza del fondo e di descrivere le unità archivistiche indipendentemente dalla loro collocazione fisica.

Il numero, invece, indicato all'interno del campo titolo - fuori dal virgolettato - ed apposto sulla coperta del fascicolo, a matita rossa/blu, è un numero di corda che fu attribuito, con tutta probabilità, nella seconda metà dell'Ottocento. Il personale consolare venne allora chiamato alla inventariazione dei beni delle singole agenzie - fra i quali si annoverava anche l'archivio. In tale occasione, per praticità, ed ai fini della quantificazione del materiale, i fascicoli del Consolato sardo ad Alessandria d'Egitto vennero numerati. Tale numero, di fatto, costituisce un comodo identificativo all'interno di quel sistema documentario e anche per questo motivo è stato riportato nel campo "Titolo". Si deve aggiungere tuttavia che quel numero non è sempre presente. In ogni caso esso certifica che già alla fine del secolo le carte risultavano parzialmente disordinate.